usando un if según su extención ej:
Esto es para subir solo imagenes
Código PHP:
if($_FILES['type'] == 'image/png' OR $_FILES['type'] == 'image/gif' OR $_FILES['type'] == 'image/jpeg')
echo 'Subida exitosa'
else
echo 'Solo se permiten archivos: png, gif, jpg';
Quizás el código tenga algún error, ten en cuenta que lo hice aquí mismo sin ningún editor.