Hola,
Cita:
Iniciado por yonerflash 
He usado phpmyadmin para construir y usar una base de datos con netbeans y ha funcionado bien; ahora quisiera usar esa base de datos con glassfish, donde debo guardarla y que otros arreglos debo hacer?
Glassfish es un servidor de aplicaciones en lenguaje Java. Una vez aclarado eso.
La base de datos está en MySQL, para comunicarse con este se utiliza un puerto, el archivo .jar de JDBC de MySQL debe de ubicarse en la carpeta /glassfish4/glassfish/domains/domain1/lib, o la ubicación correspondiente.
Si vas a usar JDBC para conectarte no necesitas mas, solamente cargar la clase con Class.forName() y obtener la conexión con el DriverManager, como cualquier otra aplicación que se conecta a MySQL.
Si vas a usar el pool de conexiones de Glassfish, tienes que entrar al Administrador de Glassfish, normalmente en el puerto 4848, y crear un nuevo Connection Pool y un nuevo Resource JNDI. Después ya puedes usar Annotations como @Resource con un DataSource.
Saludos,