Optimizar consulta

[gnzsoloyo]

Empecemos probando estoy dime si los resultados son los mismos que tenías antes, y de no serlo, en qué se diferencian.
Ten en cuenta que nosotros no tenemos ni tus tablas ni tus datos, por lo que estamos suponiendo muchas cosas en base a lo que pousiste en la consulta.

Código MySQL:

SELECT
    S.`id_almacen`,
    A.`id`,
    A.`ref`,
    A.`titulo_1`,
    A.`id_iva`,
    AL.`id` `id_almacen`,
    AL.`codigo`,
    AL.`nombre`,
    ((SUM(`entradas`) - SUM(`salidas`)) Final,
    IF(S.`concepto` = 'EuroWin', ROUND(`st`.`precio1`,2), 0.00) `precio1`,
    A.`precio1` `articulo_precio1`,
    A.`create_user`,
    A.`create_tienda`,
    A.`iva`,
    AP.precio_fijo
FROM
    `stock` S
    INNER JOIN `articulos` A ON S.`id_articulo` = A.`id`
    INNER JOIN `almacenes` AL ON S.`id_almacen` = S.`id`
    INNER JOIN `iva` I ON I.id = A.id_iva
    LEFT JOIN `articulos_preciofijo` AP ON S.`id_articulo` = AP.`id_articulos`
GROUP BY S.`id_almacen`