Esta tarea debes hacerla del lado del servidor, con algún lenguaje que trabaje de ese lado, como PHP, ASP, JSP, entre otros. Otra forma sería trabajando con
Node.js, pero se me hace más conveniente con uno de los lenguajes que menciono, por ejemplo, en PHP existen funciones nativas que te facilitan toda la labor como
move_uploaded_file y
mysqli_query (a la que tendrás que pasarle una sentencia SQL que insertará los datos en la BD).
También hay forma de subir archivos a una carpeta con puro JavaScript, pero como dije, con las funciones nativas de un lenguaje que trabaje del lado del servidor, puedes hacer toda la labor de forma más rápida y sencilla.
Saludos