Hay 3 formas de hacerlo.
1.- La "oficial" en WordPress que es usando
Theme Customization_API ademas con esta tienes la opción de ver los cambio en vivo (Preview)
2.- La "difícil" que es como lo estas haciendo, crear todo desde 0, en este caso tendrías que crear tus formularios a mano, textfields, checkboxes, etc etc, y gestionar la información mediante el
Api de Opciones de WP usando las funciones
add_option,
update_option,
delete_option y
get_option
3.- La mas "facil" al menos para mi, usar un framework que ya haga todo lo del punto 2 tipo
http://reduxframework.com/ tiene todas la opciones necesarias y de esta forma no reinventamos la rueda y no pierdes tiempo en hacer algo de 0, solo te enfocas en el desarrollo de tu tema.