Cita: Me gustaria sabes si se puede, a través de un procedimiento almacenado en mysql hacer lo siguiente:
Conectarme al Directorio Activo, hacer una consulta y volcar el resultado de la consulta en una tabla de base de datos en mysql auxiliar, para despues hacer un cotejamiento entre los usuarios de mi tabla de usuario de la aplicacion, y los usuarios que me devuelve la consulta contra mi Directorio Activo.
No. No es posible.
Y la verdad no se entiende a qué te refieres con "MySQL auxiliar". O existe un servidor MySQL remoto, o no existe, pero no puedes correr una consulta contra otro servidor desde MySQL.