Python tiene varias implementaciones, la mas popular esta escrita en c
cpython.
Pero, incluso hay una implementación de python hecha en python llamada
PyPy.
Te recomiendo leer sobre
generaciones de lenguajes de programación.
También sobre como funciona un
compilador.
Y creo que estas mezclando binario y lenguaje maquina. Las maquinas solo saben su propio lenguaje maquina, binario es solamente una representación de los datos que nosotros como humanos le damos.