Ya te comentó Arturo. JavaScript puede eliminar los elementos pero primero se cargaron como parte del html. El código html sigue estando ahí, los elementos aparecen, y luego son borrados de la "interpretación" del navegador, no del código fuente, que es simplemente texto. Busca editar el código de Joomla.
Te recomiendo una aplicación que busca textos dentro de los archivos de una carpeta:
http://www.digitalvolcano.co.uk/textcrawler.html Usalo con cuidado ya que también los puede editar.
Trata buscando pedazos de código que sabes o supones que están en una página. Tendrás que "adivinar" al principio si este código está realmente en la plantilla o está generado dinámicamente, digamos metido en la base de datos.
Localizas así la carpeta de plantillas y archivos específicos, y de ahí podrás experimentar. Prueba en una instalación de prueba, no en la buena primero.