Un problema parecido me ocurrió a mi en un proyecto de prueba con Spring+Hibernate y no encontré solución para ello.
En mi caso era en una relación Muchas a Muchos.. donde se debían insertar los datos en la tabla intermedia.
Sin embargo todavia nose porque Hibernate me insertaba un registro en dicha tabla, y al insertar el siguiente me hacia un DELETE del registro anterior, permitiendome tener únicamente un registro en dicha tabla intermedia
