El problema tiene que ver con el box-sizing
http://quirksmode.org/css/user-interface/boxsizing.html
He purgado un poco tu css para verlo mejor y me funciona bien (con ambos .input alineados) con este arreglo.
Código CSS:
Ver original.input {
/* tú código */
padding: 7px;/* Esto ya está en tu código */
width: 100%;
box-sizing: border-box;
-moz-box-sizing: border-box;
}