Si lo vas a programar tú la mejor opción es utilizar los meta de usuario como tu misma comentas. No deberías alterar las tablas de la base de datos de WordPress bajo ninguna circunstancia, aunque si puedes crear tus propias tablas si lo deseas. Pero para almacenar un array de IDs te basta y sobra con los user meta. Tendría un aspecto parecido a: