Hola:
Es raro que se hagan preguntas sobre pasarelas de pago u otros temas "delicados" en el foro, ya que una buena política es no depender de javascript, sobre todo en cosas importantes, como supongo que es lo que planteas.
Con los pocos datos que ofreces es difícil ayudarte, aunque si creo podertte dar un consejo, evita la dependencia de javascript en cosas importantes... en tu caso (creo que) en vez de modificar los valores de controles, supongo que podrías mostrar el resultado de la operación en un elemento que no forme parte del formulario, o que esté deshabilitado, o simplemente no procesarlo... pero repito que con los datos que estás suministrando solo valen las conjeturas...
Saludos