Vale solo deja clara una cosa definitivamente, ¿qué quieres hacer exactamente?:
1- Localizar texto plano, fuera de etiquetas <A> o enlaces y convertirlo en un enlace con un title determinado. Ejemplo:
Código HTML:
Ver originalvaca ->
<a href="vaca/" title="La vaca bla bla bla...">vaca
</a>
2- Localizar enlaces, etiquetas <A>, y si su texto coincide con alguna palabra del glosario indicarle un title personalizado. Ejemplo:
Código HTML:
Ver original<a href="vaca/">vaca
</a> ->
<a href="vaca/" title="La vaca bla bla bla...">vaca
</a>
3- Ambas cosas, la 1 y la 2. Por eso tienes problemas de enlaces dentro de TITLE.
Es importante aclararlo pues la 1 se resolvería con preg_replace o preg_match_all, y la segunda con DOMDocument.