Te dejo este ejercicio que hice, a ver si te sirve:
Código PHP:
Ver original<?php
$xml = '<mensajes>
<mensaje>
<nombre>luis</nombre>
</mensaje>
<mensaje>
<nombre>pedro</nombre>
</mensaje>
</mensajes>';
$doc = new DOMDocument();
$doc->preserveWhiteSpace = false;
$doc->loadXML($xml);
$mensajes = $doc->getElementsByTagName('mensajes')->item(0);
$xpath = new DOMXPath($doc);
$q = $xpath->query('//nombre[text()="luis"]');
$mensajes->removeChild($q->item(0)->parentNode);
echo $doc->saveXML(); //aquí está tu XML ( $doc->saveXML() ), faltaría guardarlo nada más.