Hola,
Podrías dejar el archivo .class fuera del .jar; y al ejecutar la aplicación agregar ese archivo al classpath. Por ejemplo:
Código:
java -cp .:archivo.jar -jar archivo.jar
Código:
java -cp .;archivo.jar -jar archivo.jar
Si el archivo .class (en su package correcto) está dentro del mismo árbol de carpetas donde está el archivo.jar, el classloader lo tendrá que encontrar.
Pero .. ¿no será un problema de diseño?
Porque no pasas una variable al método:
Código:
Server serv = Server.newInstance(nombreclase);
Y parametrizas con un archivo .properties el nombre de la clase.
Saludos,