Siempre que sea posible es mejor registrar la marca, pero para algunas webs no tiene sentido.
Se pueden registrar online (como veo que estás en España):
http://www.oepm.es/es/index.html
Podría pero es más complicado que te quiten una marca por desuso
El orden cronológico es determinante.
Si alquien registra tu marca y tu web no tiene funcionamiento alguno o demuestra que no es un uso legitimo, si pueden quitarte el dominio.