Problemas con Margin en CSS3

[pzin]

Usar JavaScript para eso me parece innecesario.

Puedes usar nth-child():

Código HTML:

<article>
  <div></div>
  <div></div>
  <div></div>
  <div></div>
</article>
 

Código CSS:

div:nth-child(odd) {
  // Estilos para divs impares
}
 
div:nth-child(even) {
  // Estilos para divs pares
}
 

También podrías crear reglas para cada tercer elemento y cosas así. Te dejo un pequeño artículo.