Se puede si tienes acceso a root y si no también se puede.
Si tu servidor es administrado posiblemente te ayuden a hacerlo, si lo quieres hacer tu pues, un script sencillo con rsync para incremental, si usas cpanel con cpremote, si no rsync para archivos y para bases de datos algo sencillo ->
http://www.skamasle.com/como-2-forma...e-datos-mysql/
Hay muchas formas de hacer lo que pides.