Usando el modificador -l de grep, obtenés solamente el nombre de cada archivo. Luego, con dirname, te quedás con el nombre del directorio.
Qué hacer con la lista, sea guardarla en un vector, una cadena separada por espacios o ir leyendo línea a línea, depende de cómo tengas que procesarla luego.
Código BASH:
Ver originalfind campus/ -type f -name config.php -exec grep -l "Moodle Configuration File" {} + | while read FILE; do
dirname $FILE
done