Archivos no se ven bien en Ubuntu 12.04 (codificación UTF-8 o ISO)

[AlvaroG]

Para hacer lo mismo en todos los archivos, usa iconv.

Cualquier editor de texto decente te permitirá convertir los archivos a UTF-8 o abrirlos como ISO-8859-1 (o Windows-1252, que seguramente es el que estabas usando, Notepad++ lo menciona como "ANSI")

Si tu problema es con las comillas, entonces el lío es mayor. ¿estás seguro de no haber usado Word alguna vez, o un sistema como Wordpress que cambie el código automáticamente? porque el caracter comillas dobles es el mismo en cualquier codificación derivada de ASCII, incluyendo a ISO-8859-1 y a UTF-8