Hola:
Cuando lo montas en tomcat y lo pruebas..... ¿lo pruebas desde un navegador en otro pc que no es el que tiene tomcat? ¿Has mirado en una pantalla del ordenador donde corre tomcat si se está levantando el navegador? ¿Tienes tomcat instalado en un windows? Runtime.getRuntime.exec() lanza una IOException en caso de problemas ¿La capturas y la muestras en caso de que salte?
Efectivamente, esa no sería la forma correcta. Si el cliente está usando un navegador, debes usar javascript en tu página web (jsp o lo que sea) para que abra una nueva ventana del navegador (window.open()
http://www.w3schools.com/jsref/met_win_open.asp )
Se bueno.