Imagino que estás preguntando si java soporta el componer imagenes con transparencia.
Sí lo hace, tienes la clase BufferedImage
http://docs.oracle.com/javase/7/docs...eredImage.html sobre la que se puede dibujar, incluso meter imagenes de fichero (gif, png, ..) y soporta transparencias, siempre que elijas un tipo ARGB donde A es el alpha de tranparencia.
No creo que te cueste encontrar ejemplos de esto en google, pero si tienes algún problema, vuelve a pasar por aquí.
Se bueno.