Me parece que lo estás hadiendo demasiado complicado. ¿Por qué hacer cuatro consultas cuando con una sola con JOIN deberías poder obtener los datos correspondientes?
Tal vez algo como:
Código PHP:
$qry = "SELECT COUNT() existe ";
$qry .= "FROM materias ";
$qry .= "WHERE periodo='$periodo' OR grado='$grado' OR grupo='$grupo' OR archivo='$archivo'";
$result= mysql_query($qry);
$fila = mysql_fetch_assoc($result);
if($fila['existe']>0)
{}
else
{}