Código:
window.open("flash.htm", "Flash", "width=800, height=600, top=0, left=0, scrollbars=no");
window.open("otro.htm", "Popup", "width=20, height=20, top=0, left=0, scrollbars=no");
Lo que tu tratas es abrir en la misma ventana, para abrirlo debes cambiar el segundo atributo/parametro de la funcion window.open
Ponlo así en la página principal y funcionará.
Saludos