Un equipo servidor que no permite particiones por hardware? desde lo más viejos que he visto hace más de 10 años, soportan RAID, así que casi puedo asegurar que lo que tenes es un PC con un sistema operativo servidor y si es así, ES MUY MALA DESICIÓN.
Yo no he utilizado arreglos por software porque no los considero eficientes y si, debes tener los discos dinámicos y del mismo tamaño para ese fin.
Encontré mucha información de como hacerlo y bien explicada, no se en que te confundiste.
como hacer raid por software windows server 2003 Raid por software en windows 2003 COMO CONFIGURAR RAID 1 SOFTWARE W2003
Siempre que vayas a hacer algo que no sabes y menos el resultado que te va a dar es recomendable/
obligatorio, realizar un respaldo de la información y más aún cuando es sensible.