No. Un JFrame puede hacer varias cosas cuando lo cierras, lo configuras con su método setDefatulCloseOperation(). Por defecto, se oculta el JFrame y el resto deberían seguir igual. Si le pones JFrame.EXIT_ON_CLOSE, entonces termina la aplicación al cerrar el JFrame y se cerrarán todas las ventanas abiertas.
Echa un ojo al método ese en
http://docs.oracle.com/javase/7/docs...ng/JFrame.html para más detalles.
Se bueno.