recuperar los checkbox que esten marcados

[marlanga]

De momento por HTTP mediante GET o POST sólo se pueden enviar cadenas de texto. Lo que puedees hacer es convertir tu objeto javascript a cadena (eso se llama serializar objetos) mediante JSON.stringify, que convierte cualquier cosa en una cadena JSON.
Envías la cadena, y PHP tiene que darle la vuelta, es decir, convertir la cadena en una estructura de datos de ese lenguaje. Por ejemplo, con json_decode.

O puedes hacer la cadena manualmente, como te he dicho antes.

Pero siempre se enviará una cadena.