Hola!
La mayoría de webs que he visto penalizadas por Penguin han desaparecido o han caido muchísimo en general todo el site, ese comportamiento de mantener las páginas interiores y variar la home en poco tiempo no me suena mucho.
Para comprobar utiliza esta herramienta
http://www.barracuda-digital.co.uk/panguin-tool/ y otras como Sistrix que te da un gráfico y te resalta las actualizaciones de Google por periodos (tiene 15 días de prueba sin coste).
No sé si estará penalizada la verdad, comprueba con gráficas y fechas como te comento.