Tablas con índices y opción IGNORE_DUP_KEY=ON

[Libras]

estas hablando de cosas diferentes, en una tabla puedes tener un solo indice cluster y varios noncluster, un indice cluster si mal no recuerdo es el ordenamiento principal de tus datos y un noncluster son los ordenamientos secundarios(en una busquedad primero iria a a buscar sobre el indice cluster y despues sobre el noncluster) al crear una llave primaria se crea por default un noncluster, si te resuelve tu problema poniendo un indice noncluster en lugar de cluster parece perfecto :)