Te dejo un ejemplo básico, el campo de tags debe ser único (UNIQUE).
Código PHP:
Ver original<?php
$tags = explode(',', $_POST['tags']);
foreach ($tags as $tag) {
$sql = "INSERT INTO tags (tags, frecuencia) VALUES ('$tag', 1) ON DUPLICATE KEY UPDATE frecuencia = frecuencia+1";
}
De esta forma no necesitas consultar ni dar tanta vuelta.