Morfeox5,
Los archivos de InDesign no se comportan como los archivos de Illustrator. Esto es, no existe una configuración de color que te cambie todos los colores de RGB a CMYK como sucede en Illustrator.
Aclarado ese punto...lo que tienes que hacer es convertir TODAS tus imágenes en CMYK, incluyendo logos o vectores que hayas creado en Illustrator, Freehand o Corel. InDesign trabaja perfectamente con imágenes TIFF, PSD, JPEG o EPS, así que todas tus fotos las tendrás de abrir en Photoshop y cambiarlas a CMYK.
Nota...si tus imágenes son de baja resolución (menor a 300 dpi), no servirán para un impreso, aún cuando trates de cambiar la resolución en Photoshop. Te saldrán borrosas por la falta de resolución.
En cuanto a los colores...mi sugerencia en que elimines cualquier color que no hayas utilizado en tu diseño y dejes solamente los que escogiste para el mismo. Luego de limpiar tu paleta, tendrás que convertir cada uno de ellos en CMYK. En el siguiente ejemplo podrás ver como convertir los colores de plasta (en mi caso utilicé Pantones) a CMYK. Lo mismo aplica a colores RGB.
Luego de encontrar el color a convertir, busca la opción CMYK en la lista de modos de color:
Finalmente, si tu color está asignado como plasta (spot), convierte la misma a "Process" dentro del listado de tipo de color:
Listo, tu archivo estará listo para la imprenta
