Algo como esto (no te voy a hacer el código completo): le faltan muchas validaciones, pero la lógica general es la que te muestro:
Código PHP:
<?php
while ($fila = $consulta->fetch_assoc())
{
// cada vez que encuentre que el departamento del registro es
// distinto del anterior, muestra el inicio de tabla:
if ($ultimoDep != $fila['DEPARTAMENTO'])
{
// aca imprimes el inicio de una nueva tabla HTML
?>
<table>
<?php // y el respectivo encabezado HTML, etc...
}
// aca solo imprimes tus articulos:
?>
<tr><td><?php print $fila["ARTICULO"]; ?></td></tr>
<?php
// siempre debes guardar el departamento para
// hacer la comparación en la siguiente vuelta del ciclo:
$ultimoDep = $fila['DEPARTAMENTO'];
} // fin del while
// y acá cierras la última tabla que quedó abierta
?>
</table>
Saludos!