Todo lo que comentas suena a que serías la única persona en el mundo a la que la lógica no le funciona, ¿de verdad crees tener un problema real?
Es bastante simple, isset() comprueba la existencia de alguna variable, así que no te sirve.
En todo caso empty() comprueba que esté vacía, ¿eso es lo que necesitas?
Me gustaría ver un var_dump() de las variables que tienes para ver si hay algo inusual, el punto es que si de verdad no tuviera valor alguno empty() funcionaría a la perfección.
Pero no es así, entonces lo mejor es que nos ayudes a ver, de otra forma adivinar que haces mal es imposible.
¿Eso que arroja?