Hola loCk636:
Es tal como lo pones, al colocar el ORDER BY departamento, entonces te "agrupará" todos los artículos que correspondan a cada uno de ellos entonces, no sé dónde está el problema o qué es exactamente lo que necesitas.
Cita: Y mostrar en varias tablas para cada departamento?
Eso de "mostrar" me parece que es algo de visualización en alguna página Web o algo así... la consulta simplemente de mostrará un listado con todos los artículos, el cómo los visualices esa es cuestión de programación, no de MySQL
Saludos
Leo.