Eso que comentas lo he visto en alguna web.
Yo no lo haría asi, a no ser por fuerza mayor.
Para mi, es como ocultar un texto
Lo correcto sería colocar dentro del header el <h1> y la forma <
h1>Palabra clave principal de la web</h1>
Si deseas que sea un <a href=""> no importa, pero no es muy lógico o para mi más antinatural