Hola:
Según veo en TrueZip
https://truezip.java.net/ debería funcionar con jar.
De todas formas, java viene con las clases en el paquete java.util.jar que permiten modificar los ficheros jar desde java (Aquí tienes ejemplos
http://www.programcreek.com/java-api...l.jar.JarEntry )
Sin embargo, quizás no te vaya. Una cosa es modificar un jar y otra cosa que al añadirle clases en tiempo de ejecución, el classpath se entere y sea capaz de buscarlas. Inténtalo a ver.
Se bueno.