Hola:
Para empezar, los atributos "id" deben ser únicos, así que si los necesitas debes hacer algo para ello.
Cuando yo tengo que hacer selecciones múltiples (o similares) empiezo con un array vacío y voy añadiendo ítems:
ciudades = Array();
if (debe_insertarse_city) ciudades.push(city);//...
Luego se inserta en el control con ciudades.join(",")...
Saludos
