Gracias a todos por leer el post, ya encontre la solucion. El problema era mas conceptual:
El problema estaba en que cuando se emitia un update por parte de socket.io, en el body enviaba todos los datos y se tenia que enviar solamente el item que cambió, por lo que PonyExpress espera solamente un item no un array de items, asi que no encontraba el id.
Código:
for (var i= 0; i<datosNuevos.length; i++){
if (notas[i].texto != datosNuevos[i].texto){
io.sockets.emit('notas::update', datosNuevos[i]);
}
}