la estructura del html que se imprime al visitar el sitio se forma por 3 archivos base
header.php , index.php y footer.php el resto son complementos para distintas funciones por ejemplo page.php se usa para las paginas en caso de no existir se utiliza index.php
deberás estudiar las jerarquías de estos archivos.... Nuestro compañero Nekko hizo un tutorial bastante completo y fácil de entender sobre como crear themes... échale una revisada, si bien no creas un theme te ayudara a entender gran parte de su funcionamiento básico
-> ver tutoriales
por ultimo get_head() get_footer() y get_sidebar()
si son funciones y lo unico que hacen es invocar a sus respectivas partes, por ejemplo en index.php puedes ver que empieza con get_head() esto manda llamar e imprime el contenido de header.php
get_footer() llama e imprime footer.php
get_sidebar() llama e imprime sidebar.php