Creo que se añadió un cierre de paréntesis de más. Me refiero al que aparece tras '0'. Creo que ese cierre creaba una estructura de tabla sin alias. Prueba con esto ahora.
Código MySQL:
Ver original id,
fecha,
dia,
hora,
idConversacion,
idUsuario,
asunto,
ref,
nombres,
apellidos,
idProp,
calle,
numero,
piso,
depto,
idUsuario,
checked_2
a.id,
a.fecha,
a.idConversacion idConversacion,
a.idUsuario,
b.id,
b.asunto,
b.ref,
c.id,
c.nombres,
c.apellidos,
d.calle,
d.numero,
d.piso,
d.depto,
e.id,
e.idUsuario,
e.idConversacion,
e.checked_2
INNER JOIN `conversaciones` b
ON b.id
= a.idConversacion
INNER JOIN `mjs_alertas` e
ON e.idUsuario
= a.idUsuario
AND e.idConversacion
= a.idConversacion
WHERE e.idUsuario
= {$_SESSION
['id']}