Ultimo registro de un GROUP BY

[gnzsoloyo]

Tienes varios defectos de construicción que peuden causar errores.
Yo la iría planteando por este lado:

Código MySQL:

SELECT 
    id, 
    fecha, 
    dia, 
    hora, 
    idConversacion, 
    idUsuario, 
    asunto, 
    ref, 
    nombres, 
    apellidos, 
    idProp, 
    calle, 
    numero, 
    piso, 
    depto, 
    idUsuario, 
    checked_2 
FROM (SELECT 
             a.id, 
             a.fecha, 
             DATE_FORMAT(fecha,'%d-%m-%Y') dia, 
             DATE_FORMAT(fecha,', %H:%i') hora, 
             a.idConversacion idConversacion, 
             a.idUsuario, 
             b.id, 
             b.asunto, 
             b.ref, 
             c.id, 
             c.nombres, 
             c.apellidos, 
             d.id as idProp, 
             d.calle, 
             d.numero, 
             d.piso, 
             d.depto, 
             e.id, 
             e.idUsuario, 
             e.idConversacion, 
             e.checked_2 
    FROM `mensajes`  a 
        INNER JOIN `conversaciones`  b ON b.id = a.idConversacion
        INNER JOIN `usuarios` c ON c.id = a.idUsuario 
        INNER JOIN `propiedades` d ON d.id = b.ref
        INNER JOIN `mjs_alertas` e ON e.idUsuario = a.idUsuario AND  e.idConversacion = a.idConversacion 
    WHERE e.idUsuario = {$_SESSION['id']} 
        AND e.checked_2 = '0') 
    ORDER BY a.fecha DESC) T1
GROUP BY idConversacion