Como dice
C2am lo ideal es añadir el código HTML/CSS.
Suponiendo que la tabla esté dentro de algún
div, y la paginación obviamente fuera de la tabla —si no es así está mal estructurado el sitio— entonces simplemente tendrías que añadirle una altura mínima a ese elemento que contiene la tabla:
Ya que no es que la paginación se vaya hacia arriba, sino que al no haber más elementos no se ocupa ese espacio. Pues de esta forma siempre habrá una altura mínima.
Personalmente pienso que es mejor que la paginación esté donde acabe el contenido, es lo que espera el usuario vaya. Y tener ahí un espacio sin ocupar es un poco raro.