En realidad desaparece porque lo estás convirtiendo en un array con solo el weight:
Sinceramente lo mejor en estos casos es hacer un dump del formulario en el form_alter, y cambiar el valor que quieras, o añadirlo si se trata de weight:
Código PHP:
Ver originalfunction mymodule_form_alter(&$form, &$form_state, $form_id){
echo "<pre>";
echo "</pre>";
}
Ahi podés ver los valores que hay en tu formulario (es mejor que filtres por form_id así ves el formulario que querés).
Luego lo demás es trivial seguro.
Saludos.