Hola de nuevo,
Después de muchas vueltas he conseguido solucionarlo...
Al final he modificado la sentencia y he utilizado LOAD DATA LOCAL INFILE que se supone que sería la utilizada para la lectura "externa" de datos. Aunque no entendía muy bien que se refería por externa, me imaginaba que sería externa al propio servidor, pero parece que también lo tiene en cuenta dentro de distintos espacios del mismo server.
Aquí esta la documentación de dev.mysql sobre la sentencia:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/load-data.html
Para poder utilizar esta sentencia en la versión de MySQL del server he tenido que acceder al archivo
/etc/my.cnf y modificar la línea
local-infile a 1.
Reiniciar el servicio mysqld con un poco de fortuna ha funcionado.
Espero que esto le ayude a alguien en algún momento.
Gracias a todos por vuestra atención, saludos!