Por eso te he preguntado si sabías expresiones regulares, ahora veo que no.
Esta expresión está completamente mal, pues tiene errores de sintaxis y lógicos:
Cita: /\[youtube\]http://www.youtube.com/watch?v=(.*?)\[\/youtube\]/is
¿Tu colocaste la URL así no más porque se te ha ocurrido?
Mal ahí, te sugiero revisar una referencia de RegExp para que entiendas lo que haces mal.
En resumen:
- Mal uso de delimitadores (/)
- Mal uso del carácter opcional (?)
- Mal uso del meta-carácter dot-all (.)