¿__autoload dentro o fuera de la clase?

[pateketrueke]

Según PSR-0, esa clase debería llamarse Backoffice\objects\Almacen\objects\private\Caja...

No, eso no está definido en dicho estańdar, me parece que te refieres a esto:

vendor/Backoffice/Almacen/Caja.php

Código PHP:

namespace Backoffice\Almacen;
 
class Caja {}
 

script.php

Código PHP:

require 'vendor/autoload.php';
 
use Backoffice\Almacen\Caja;
 
$foo = new Caja();
 

Al caso debo mencionar que todavía no he visto un ejemplo complejo de dependencias (de clases obviamente) que no se pueda resolver usando PSR-0 (autoload), si tienes alguno sería interesante revisarlo.