Todo eso que acabas de mencionar ya esta resuelto por medio de convenciones y estándares, si no quieres hacer caso de ninguno entonces te toca inventar en hilo negro por ti mismo.
El estándar PSR-0 es exactamente el mismo que establece como definir y emplear las diferentes estrategias de autoload, te sugiero leer bien antes de hacer afirmaciones poco fundamentadas.
Composer tampoco es ajeno a PHP, está escrito con PHP para ser usado en PHP.
Composer es una herramienta para gestión de dependencias, si te informas mejor descubrirás que la técnica de autoload apenas es la punta del iceberg, y por supuesto no estás obligado a usar el 100% de las reglas.
Que los árboles no te impidan ver el bosque.
