Cita:
Iniciado por jurena 
Lo único que se me ocurre, además de lo que te ha dicho @gnzsoloyo, nuestro moderador criollo, es que en InnoDB tengas relaciones y controles integridad referencial de ese modo. Eso exige un determinado orden de actualizaciones e inserciones. Me explicaré:
UPDATE $tabla SET familia3 = '2' WHERE lis_cli = 'N2'
si para familia3, no existe el valor '2' el una tabla familias, si es que existe, primero tendrías que insertar ese valor.
No sé si será tu caso.
Ambos campos se ubican en la misma tabla (Ver instrucción utilizada).
Solo se hace uso de esa sola tabla, y no tiene relaciones con otras tablas.
Es extraño, seguiré probando.
Gracias por tu comentario.