Update a 300 filas InnoDB, MyISAM lo hace correcto

[Bier]

• Tengo una tabla con 4,000 filas.
• Cada mes debo ejecutar 10 instrucciones UPDATE, c/u afecta 400 filas.
• Este procedimiento lo he realizado por años en MyISAM y corre perfecto.
• Recién cambié la tabla a InnoDB y no lo realiza.
• ¿Algún problema o se debe hacer algo?

Para resolver mi necesidad, regresé la tabla a MyISAM y ya se normalizó.

• Lo ejecuto en Windows con WampServer
• PHP Version 5.3.13 / mysqlnd 5.0.8-dev - 20102224

Las instrucciones son:

Código MySQL:

UPDATE $tabla SET familia3 = '1' WHERE lis_cli = 'N1'
 
UPDATE $tabla SET familia3 = '2' WHERE lis_cli = 'N2'
 
UPDATE $tabla SET familia3 = '3' WHERE lis_cli = 'N3'
 
UPDATE $tabla SET familia3 = '4' WHERE lis_cli = 'N4'
 
UPDATE $tabla SET familia3 = '5' WHERE lis_cli = 'N5'
 
UPDATE $tabla SET familia3 = '6' WHERE lis_cli = 'N6'
 
UPDATE $tabla SET familia3 = '7' WHERE lis_cli = 'N7'
 
UPDATE $tabla SET familia3 = '8' WHERE lis_cli = 'N8'
 
UPDATE $tabla SET familia3 = '10' WHERE lis_cli = 'N9'
 

Editado: Código de programación no permitido en foros de Bases de Datos.