Probablemente. Pero es que la primera frase se presta a confusiones:
Cita: Hola, no sé muy bien si este tema es de aquí... pero es que no encontraba ningún foro adecuado. El caso es que construí una función para subir archivos múltiples a la vez y que se introdujesen en la base de datos.
Como sea, el problema que tienes es que planteas subir datos que corresponden a más de una tabla, por lo que en realidad dependerá de la estructura de esas tablas si se puede crear una función única parametrizable que envíe tales INSERTs.
Si no tienen una estructura similar, te conviene hacer uno por tipo de tabla.
Fuera de eso, no puedes hacer más que iterar los arrays de datos a insertar, aunque si podrías crear un insert múltiple para cargar cada tabla distinta en un solo llamado, en lugar de hacer N insert uno a uno.
Respecto a los archivos a subir a la carpeta, allí no hay mucho otro más que hacerlo de a uno. el FTP es secuencial, con la sola excepción de poder hacer N procesos en paralelo, pero no más que es.
Puede que alguna librería te permita gestionarlo más sencillo que hacer la programación manualmente.